Для определения рода слова “протон” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “протон” . Тогда в зависимости от окончания в слове “протон” можно определить род.
Слово “протон” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “протон” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протон” находится по ссылке