Для определения рода слова “фагот” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “фагот” . Тогда в зависимости от окончания в слове “фагот” можно определить род.
Слово “фагот” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “фагот” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “фагот” находится по ссылке