Для определения рода слова “чакра” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “чакра” . Тогда в зависимости от окончания в слове “чакра” можно определить род.
Слово “чакра” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “чакра” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “чакра” находится по ссылке