Для определения рода слова “япония” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “япония” . Тогда в зависимости от окончания в слове “япония” можно определить род.
Слово “япония” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “япония” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “япония” находится по ссылке