Для определения рода слова “жемчужина” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “жемчужина” . Тогда в зависимости от окончания в слове “жемчужина” можно определить род.
Слово “жемчужина” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “жемчужина” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “жемчужина” находится по ссылке