Для определения рода слова “мелководье” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “мелководье” . Тогда в зависимости от окончания в слове “мелководье” можно определить род.
Слово “мелководье” употребляется в среднем роде (Потому как в начальной форме слова “мелководье” окончание [е], [о]).Полный морфологический разбор Cуществительного “мелководье” находится по ссылке