Для определения рода слова “сапер” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “сапер” . Тогда в зависимости от окончания в слове “сапер” можно определить род.
Слово “сапер” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “сапер” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “сапер” находится по ссылке