Для определения рода слова “юбка-брюки” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “юбка-брюки” . Тогда в зависимости от окончания в слове “юбка-брюки” можно определить род.
Слово “юбка-брюки” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “юбка-брюки” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “юбка-брюки” находится по ссылке