Для определения рода слова “магистраль” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “магистраль” . Тогда в зависимости от окончания в слове “магистраль” можно определить род.
Слово “магистраль” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “магистраль” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “магистраль” находится по ссылке