Для определения рода слова “протоиерей” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “протоиерей” . Тогда в зависимости от окончания в слове “протоиерей” можно определить род.
Слово “протоиерей” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “протоиерей” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протоиерей” находится по ссылке