Для определения рода слова “пупок” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пупок” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пупок” можно определить род.
Слово “пупок” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “пупок” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пупок” находится по ссылке