Для определения рода слова “трепанация” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “трепанация” . Тогда в зависимости от окончания в слове “трепанация” можно определить род.
Слово “трепанация” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “трепанация” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “трепанация” находится по ссылке