Для определения рода слова “манипуляция” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “манипуляция” . Тогда в зависимости от окончания в слове “манипуляция” можно определить род.
Слово “манипуляция” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “манипуляция” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “манипуляция” находится по ссылке