Для определения рода слова “музей” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “музей” . Тогда в зависимости от окончания в слове “музей” можно определить род.
Слово “музей” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “музей” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “музей” находится по ссылке