Для определения рода слова “скуфья” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “скуфья” . Тогда в зависимости от окончания в слове “скуфья” можно определить род.
Слово “скуфья” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “скуфья” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “скуфья” находится по ссылке