Для определения рода слова “фарватер” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “фарватер” . Тогда в зависимости от окончания в слове “фарватер” можно определить род.
Слово “фарватер” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “фарватер” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “фарватер” находится по ссылке