Для определения рода слова “эстонец” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “эстонец” . Тогда в зависимости от окончания в слове “эстонец” можно определить род.
Слово “эстонец” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “эстонец” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “эстонец” находится по ссылке