Для определения рода слова “пагинация” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пагинация” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пагинация” можно определить род.
Слово “пагинация” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “пагинация” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пагинация” находится по ссылке