Для определения рода слова “пигмей” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “пигмей” . Тогда в зависимости от окончания в слове “пигмей” можно определить род.
Слово “пигмей” употребляется в мужском роде (Потому как в начальной форме слова “пигмей” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “пигмей” находится по ссылке