Для определения рода слова “протоистория” его необходимо поставить в именительный падеж единственного числа, получается форма: “протоистория” . Тогда в зависимости от окончания в слове “протоистория” можно определить род.
Слово “протоистория” употребляется в женском роде (Потому как в начальной форме слова “протоистория” окончание [а], [я] или [ ] нулевое).Полный морфологический разбор Cуществительного “протоистория” находится по ссылке